Cocci anaérobies

Au sein des cocci anaérobies pathogènes pour l’homme, on distingue des cocci :

– à Gram positif : Peptococcus et Peptostreptococcus,

– à Gram négatif : Veillonella.

Ces espèces occupent une place appréciable au sein des bactéries anaérobies strictes isolées en pathologie, puisque les cocci à Gram positif représentent d’après les études françaises entre 11 et 37 % des souches anaérobies rencontrées en milieu hospitalier.

I – CLASSIFICATION :

On distingue parmi les cocci à Gram positif non sporulés quatre genres principaux se différenciant sur les critères regroupés dans le tableau I.

Des remaniements récents ont eu lieu entre Peptococcus et Peptostreptococcus reposant sur les résultats des GC %, alors qu’auparavant, la distinction se faisait sur la morphologie. Schématiquement :

– les Peptococcus sont des cocci en amas, paires, tétrades,

– les Peptostreptococcus sont des cocci en chaînettes pour certaines espèces (P. anaerobius, P. micros, P. productus), ils se présentent sous forme d’amas ou de tétrades pour P. prevotii et P. magnus.

L’espèce Veillonella parvula représente la seule espèce de cocci à Gram négatif anaérobie pathogène pour l’homme. Le GC % est de 36-43. Les Veillonella sont oxydase (-).

II – HABITAT :

Les cocci anaérobies sont largement représentés au sein de la flore normale de l’homme, en particulier au niveau de la bouche, de l’arbre respiratoire, de l’intestin, et du tractus urogénital.

III – POUVOIR PATHOGÈNE :

Les germes sont retrouvés soit isolément, soit en association avec d’autres espèces anaérobies strictes et/ou avec des aérobies.

Les tableaux cliniques sont variés. Ces cocci sont impliqués dans des :

– bactériennes et septicémies (notamment P. magnus),

– infections intra-abdominales, post chirurgicales,

– atteintes articulaires (arthrites, souvent sur arthroplasties), ou osseuses (ostéomyélites) notamment P. magnus,

– infections dentaires, cervico-faciales,

– infections respiratoires, infections génitales féminines etc…

Les infections à P. indolicus sont exceptionnelles chez l’homme.

IV – CARACTÈRES BACTÉRIOLOGIQUES :

A – Caractères morphologiques :

Cocci à Gram positif, pouvant parfois prendre un aspect allongé voire coccobacillaire ; ils sont disposés en paires, en petits groupes ou en chaînettes.

La taille des éléments est variable, très petits pour P. micros (0,3-0,5µm), gros pour/1, magnus (0,7-1,2 pm).

V. parvula se présente soit en éléments isolés, soit en diplocoques, amas ou courtes chaînettes, les éléments sont de petite taille 0,3-0,5 µm.

B – Caractères culturaux :

Ces germes se développent facilement sur les différents milieux usuels en anaérobiose (coeur-cervelle, Schaedier supplémenté en sang de mouton…).

Dans les prélèvements polymicrobiens, on peut recourir à un milieu sélectif contenant de la néomycine.

P. anaerobius a sa croissance favorisée par une co-culture avec Clostridium perfringens, sans que le mécanisme de cette stimulation soit connu.

La culture est relativement lente et l’apparition des colonies demande souvent 48 heures voire plus. P. niger élabore un pigment noir sur gélose au sang. Les colonies de Veillonella convexes, translucides, donnent une fluorescence rouge en lumière ultraviolette.

C – Caractères biochimiques :

La culture lente nécessite souvent un délai de lecture des réactions biochimiques de 3 à 5 jours.

Les principaux critères biochimiques sont regroupés dans le Tableau II.

Des kits rapides peuvent être utilisés : Miniteck, API 20A…

L’étude des produits terminaux de fermentation, en chromatographie gaz liquide est également intéressante. Elle révèle notamment la production d’acide butyrique et caproïque par P. niger ; acide butyrique et lactique par P. tetradius ; d’acide acétique par tous les autres Peptostreptococcus… V. parvula produit surtout des acides acétique et propionique.

La sensibilité de P. anaerobius au polyanéthol sulfbnate de sodium (SPS) avec une inhibition d’au moins 12 à 18 mm autour des disques du commerce et l’aptitude de cette espèce à dégrader la tyrosine, constituent des éléments d’appoint pour le diagnostic.

EN CHIFFRE 

COCCI A GRAM POSITIF ANAÉROBIES :

– Ils représentent de 11 à 30 % des anaérobies isolés chez l’homme

– L’importance relative des espèces parmi l’ensemble des anaérobies est la suivante*

P.magnus 13 %

P.asaccharolyticus 5 %

P.anaerobius 3 %

P.micros 2 %

P.prevotii 2 %

*statistiques de la Mayo Clinic.

COCCI A GRAM NÉGATIF ANAÉROBIES :

– Veillonella parvula représente selon les auteurs entre 1 et 16 % des isolements anaérobies.

V – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE :

Prélèvements : ils doivent être effectués et transportés en respectant les règles générales concernant les prélèvements supposés contenir des anaérobies.

Les prélèvements contenant ces cocci sont variés : hémocultures, pus d’abcès, pus abdominaux, pus osseux, liquides de ponction (articulaire, pleurale…), prélèvements génitaux.

Culture : flacons d’hémocultures anaérobies (de préférence sans SPS), des milieux liquides (Rosenow ou Thioglycolate) et des milieux solides en séparation, non sélectifs (gélose au sang…), sélectifs pour les cocci à Gram positif (gélose au sang + néomycine ou gentamicine).

L’incubation se fait soit en jarre anaérobie, soit de préférence pour les Veillonella en enceinte anaérobie.

Les cultures sont souvent lentes et l’observation doit être poursuivie au moins 3 à 5 jours.

L’identification est basée sur :

– la morphologie, l’examen des colonies en UV,

– les galeries biochimiques, la sensibilité au polyanéthol sulfonate de sodium (SPS),

– l’identification des produits terminaux en chromatographie en phase gazeuse.

VI – SENSIBILITÉ AUX ANTIBIOTIQUES :

La pénicilline G est le traitement de choix des infections dues à ces cocci anaérobies. La clindamycine ou le chloramphénicol représentent des alternatives.

Toutes les souches ne sont pas sensibles au métronidazole et les tétracyclines sont peu actives.